ในอดีต หน้าที่หลักของธงโจรสลัดคือเป็นระบบสัญญาณป้องกันและโจมตีที่สมบูรณ์ เมื่อไล่ตามเหยื่อ โจรสลัดมักจะชูธงขาวเพื่อระบุตัวตน หากเป้าหมายปฏิเสธที่จะยอมจำนน ธงกะโหลกและกระดูกไขว้สีดำและสีขาวจะถูกยกขึ้นเพื่อเป็นการเตือนครั้งสุดท้าย หากเหยื่อยังคงต่อต้าน ธงสีแดงจะถูกยกขึ้นเพื่อประกาศการสังหารโดยปราศจากความเมตตา บันทึกระบุว่าธงโจรสลัดสีดำอาจหมายถึงการทิ้งสิ่งของไว้บางส่วน ในขณะที่ธงโจรสลัดสีแดงหมายถึงความโหดเหี้ยม
ในยุคปัจจุบัน กองทัพเรือตะวันตกบางแห่งจะชูธงโจรสลัดเมื่อเรือของตนข้ามเส้นศูนย์สูตรเป็นครั้งแรก ถือเป็น "การแกล้ง" หรือพิธีกรรมแบบดั้งเดิม ในวัฒนธรรมสมัยนิยม Jolly Roger ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของโจรสลัด ได้รับการเติมเต็มด้วยจิตวิญญาณแห่งการกบฏและนวัตกรรม ตัวอย่างเช่น ในปี 1983 ทีมงาน Apple Macintosh ได้ทำธงโจรสลัดแบบทำเองที่มีหัวกะโหลกและกระดูกไขว้สีขาว ไขว้ขา และโลโก้ Apple สีสันสดใสเพื่อเป็นสัญลักษณ์ของ "จิตวิญญาณโจรสลัด" และวัฒนธรรมที่สร้างสรรค์และกบฏ
